Une plaque, à l'entrée d'Agios Nikolaos, raconte, son histoire. L'église faisait autrefois partie du monastère du treizième siècle, d'Agios Nikolaos (le cloître est encore évident à l'angle nord de l'église).

L'église d'Agios Nikolaos à Chania était considérée comme l'une des plus importante de la ville durant l'époque Vénitienne. Elle était grande et élégante, avec de larges arches à l'intérieur.

L'église fut convertie en Mosquée Sultan Ibrahim, durant l'occupation Turque. Aujourd'hui, bien qu'entièrement rénovée, les murs extérieurs et une surface longuement dômé, séparée en sections plus petites, sur le côté nord de l'église, survivent.
Le minaret de la Mosquée d'Ibrahim se dresse à côté de l'église d'Agios Nikolaos.

Avancez au nord, en descendant la rue Halidon (Odos Halidon) en direction du port.

A droite, vous verrez la Cathédrale Orthodoxe de Chania, la Panagia Trimartiris, construite en 1864 par-dessus une ancienne église composée de deux ailes.

Durant l'occupation Turque, l'église fut transformée en fabrique de savon, mais était toujours considérée comme un endroit sacré, où l'on pouvait intercéder auprès de la Vierge Marie (Panagia) pour lui demander une faveur.

Sur la place de l'église, il y a un bureau de poste mobile de couleur jaune où l'on peut également faire du change.