Nichée sur un îlot à l’est du lac de l’Ouest (Ho Tay), le plus grand lac de la capitale, la pagode se mire, depuis 1500 ans. Son histoire fut intimement liée à l’apparition du premier Etat vietnamien « Van Xuan », d’où son premier nom « Khai quoc » (Fondation de la nation) qui se changa en «An Quoc » (Paix de la nation) sous la dynastie du roi Le Thanh Tong (1434 – 1442) et puis en « Tran Quoc » (Défense de la nation) sous la dynastie du roi Le Hy Ton (1680 – 1705).

Édifiée sous la dynastie du roi Ly Nam De (entre 541-547), la pagode Tran Quoc se situait au début dans le hameau Y Hoa, tout proche du fleuve Rouge. Face aux risques de l’érosion, elle fut déplacée en 1616 sur l’îlot Kim Ngu (Poisson d’Or), au milieu du lac de l'Ouest (Ho Tay), un des plus beaux lacs de Hanoi.

Auparavant, la barque était le seul moyen d’accéder à la pagode Tran Quoc. Entre 1619 – 1643 sous le règne du roi Le Than Tong, les populations des villages Yen Phu et Yen Quang ils concoururent à la construction de la digue Co Ngu (l’actuelle rue Thanh Nien) séparant le lac de l’Ouest du lac Truc Bach, plus petit. Ils entament parallèlement les travaux de la passerelle, reliant Co Ngu et la pagode, qui existe toujours aujourd’hui.